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공동활용 연구장비

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전자동 대량 유액 기반 분획 및 라벨링 장치

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Automated massive droplet based partitioning and labeling system

  • 모델명 CHROMIUM™ Single Cell Controller
  • 제조사 10X Genomics
  • 장비용도 분석
  • 장비구분 화합물전처리/분석장비 > 바이오제조/분석장비 > 세포조작/분석장치

상세정보

구축일자 2019-11-05
납품업체 10X Genomics
위치 광주광역시 북구 첨단과기로 123 광주과학기술원　 생명과학동 F2 215
구성및성능 ○ Microfludic 칩
- 칩의 microfludic channel이 8개가 있으며, 각 channel에서 최대 10,000개까지 단일 세포를 분리할 수 있음.
- 즉, 한 번의 실험으로 최대 80,000개 세포의 모든 유전자 발현 패턴을 측정할 수 있음.
- Microfludic channel에서 나노리터 크기의 액적을 초당 3,000개 이상 생산해내어 9분 안에 단일 세포 분리 및 바코딩을 완성함.

○ 자동 액적기반 단일 세포 분리
- 단일 세포의 흐름의 속도를 조절하여 단일 액적 내에 하나의 세포가 들어가도록 함.
- 단일 액적 내에 두 개 이상의 세포가 들어가는 multiplet 비율을 낮추는 것이 중요한데, 본 장비의 경우 1,000개 세포 당 1% 미만이 muliplet임.
- 액적이 일반적인 세포에 비해 훨씬 크므로 분석 가능한 세포 크기에 제한이 없음.

○ GEM (Gel Bead-in-Emulsion)
- cDNA 합성 및 indexing에 필요한 bead를 흐름에 따라 하나씩 넣었던 이전 장비와는 달리, 대부분의 액적 내에 bead가 포함되어 있으므로 세포의 처리 비율이 50% 정도로 굉장히 높음 (이전 장비들은 5% 미만임). 즉, 1만개 세포를 분석하기 위하여 2만개의 세포가 인풋으로 필요함.
- 각각의 Gel Bead에는 약 750,000개의 서로 다른 시퀀스를 가진 올리고머가 부착되어 있음.

○ cDNA 바코딩 시스템
- Gel Bead상의 올리고머는 poly(dT) 시퀀스, 10 nts의 unique molecular identifier (UMI) 시퀀스, 16 nts의 세포 바코딩 시퀀스, 그리고 시퀀싱에 필요한 Illimina Read1으로 구성되어 있음.
- poly(dT) 시퀀스는 mRNA의 polyA tail에 부착되는 데 사용됨.
- UMI는 시퀀싱 후에 PCR 증폭으로 생성된 시퀀싱 리드를 제거함으로써 PCR bias를 줄이는 데 사용됨.
- 세포 바코딩 시퀀스는 하나의 Gel Bead상에 부착된 모든 올리고머에서는 시퀀스가 같은 반면, 다른 Gel Bead의 올리고머에서는 다르므로, cDNA가 유래된 단일 세포를 추적하는 데 사용됨.
장비안내 본 장비는 제작사의 고유 기술인 GEM (Gel Bead-in-Emulsion)을 이용하여 나노리터 사이즈의 작은 액적 내에 자동으로 단일 세포를 분리하고, 바코드가 달려 있는 젤 비드를 통해 cDNA 합성 및 바코딩을 수행하는 장비임. 전사체 뿐 아니라 단일 세포의 단백질체, 후성유전체까지 함께 분석할 수 있는 장비로 향후 단일 세포 다중 오믹스 분석을 수행하는 데 필수 장비임.

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