본 발명은 클로드로네이트 함유 리포좀을 이용한 생쥐 골수 유래 중간엽 줄기세포의 고순도 정제에 관한 것으로, 구체적으로는 클로드로네이트 함유 리포좀을 포함하는 골수 세포로부터 중간엽 줄기세포의 정제용 조성물 및 키트, 정제 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 생쥐 골수 유래 중간엽 줄기세포의 분리 배양 과정에서 발생하는 대식세포와 같은 이종의 세포들을 효과적으로 제거함으로써 성공적으로 고순도의 중간엽 줄기세포를 정제 배양할 수 있으며, 종래의 배양 기법과 비교하여 배양에 소요되는 시간과 인력, 장비 및 비용을 절감할 수 있을 것으로 기대된다.