본 발명은 다중 인증 절차를 포함하는 차량 출입 통제 시스템에 관한 것으로서, 차량 출입 통제 시스템에 있어서, 관리기관 출입구에 설치되어 관리기관에 출입하는 차량을 통제하는 차량출입통제장치; 차량의 번호판 정보, 하이패스 카드정보와 관리기관 ID 카드정보 중 하나 이상을 포함하는 사전정보가 저장된 데이터베이스 서버; 상기 데이터베이스 서버와 통신하고 상기 차량출입통제장치에 접근한 차량에 대한 통제정보를 생성하는 시스템 서버; 상기 차량출입통제장치가 인식하도록 차량에 설치된 인식장치 및 상기 시스템 서버로부터 상기 통제정보를 수신하여 차량 출입에 대해 파악할 수 있는 관리자단말을 포함하고, 상기 인식장치는, 차량에 설치된 번호판 및 하이패스 카드와 관리기관 ID 카드 중 하나 이상이 설치된 듀얼 RF 단말기를 포함하는 다중 인증 절차를 포함하는 차량 출입 통제 시스템을 제공할 수 있다.