본 발명은 바이러스별 특이적 단백질 서열 추출 시스템 및 방법에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 시시각각 변하는 방대한 양의 유전자 정보를 효과적으로 이용하고 의료 연구에 효과적으로 적용될 수 있도록 유전자 데이터를 큐레이팅하고 일반적인 분석 도구들과 연계를 높여 체계적인 신종 변종 바이러스의 분석을 용이하게 하기 위한 바이러스별 특이적 단백질 서열 추출 시스템 및 방법에 관한 것이다. 본 발명은 바이러스의 분류학적 분류를 수행하여 데이터베이스를 구축함으로써 신종바이러스 출현 시 신종 바이러스 유전자 서열 중 바이러스 구조 및 기능에 영향을 미치는 단백질 코딩 지역에 단백질 서열의 유사성 분석을 통해 신종 바이러스에 대한 구조적, 기능적 분류검색 및 분석 속도를 증가시킬 수 있다. 또한 단백질공통데이터베이스구축부(900) 및 Taxonomy 데이터베이스구축부(1000)에 저장된 정보는 상기 데이터베이스구축부(400) 및/또는 상기 CDS 데이터베이스구축부(500)에 저장된 데이터베이스와 연계함으로써, 분석된 신규 바이러스에 대한 정보를 유전자은행(GenBank)으로부터 제공받지 않고도 자체적으로 분석된 신규 바이러스에 대한 정보를 주기적으로 축적하거나 업데이트하여 다양한 신종 바이러스에 대한 체계적이고 효율적인 분석이 가능하다.