본 발명은 유전자 교정을 이용한 종자 저장 단백질 함량 조절 벼 식물체의 제조방법 및 상기 방법에 의해 제조된 종자 저장 단백질 함량 조절 벼 식물체에 관한 것으로, 보다 상세하게는 (a) 벼 13 kDa 프로라민(prolamin) 유전자의 표적 염기서열에 특이적인 가이드 RNA 및 엔도뉴클레아제 단백질을 벼 식물세포에 도입하여 유전자를 교정하는 단계; 및 (b) 상기 유전자가 교정된 벼 식물세포로부터 벼 식물체를 재분화하는 단계;를 포함하는, 종자 저장 단백질 중 프로라민 함량이 저감된 유전자교정 벼 식물체의 제조방법에 관한 것이다.