본 발명은 대장균의 O103, O121, O123, O136, O156, O168, O170, O174, O3, O40, O64, O66, O6, O78, O80, O82, O88, O8, O91, O181 또는 O111 혈청형 신속 동정용 프라이머 세트 및 이를 이용한 대장균의 혈청형 동정 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 대장균의 각 혈청형별로 특정 패턴을 가지는 유전자에 특이적인 6개의 프라이머 세트를 이용하여 대장균의 혈청형을 O103, O121, O123, O136, O156, O168, O170, O174, O3, O40, O64, O66, O6, O78, O80, O82, O88, O8, O91, O181 및 O111를 포함하는 그룹으로 그룹핑하는 방법 및 그룹핑 후 상기 21종의 혈청형에 대해 특이적인 각 프라이머 세트를 처리하여 대장균의 혈청형을 동정하는 방법을 제공한다.