본 발명은 생체적합성 콜라겐의 제조방법, 이 방법에 의해 제조된 생체적합성 콜라겐 및 본 발명의 생체적합성 콜라겐을 포함하는 의료용 생체 소재를 제공한다. 본 발명의 생체적합성 콜라겐은 면역거부 관련 유전자(α-gal)가 제거된 형질전환 돼지로부터 추출한 것으로 인체에 적용시 초급성급성혈관성 및 세포매개성 면역거부반응이 발생하지 않아 기존의 콜라겐 원료보다 생체에 안전하게 적용할 수 있다. 본 발명의 생체적합성 콜라겐은 높은 생체적합성을 갖고, 질병전파 가능성이 거의 없다. 본 발명에 따르면, 현재까지 장기만 사용될 뿐 전부 폐기되던 형질 전환된 돼지의 피부를 재활용할 수 있어 환경적인 오염원을 대폭 감소시킬 수 있다.