본 발명은 플라비바이러스 검출용 범용 프라이머 세트, 상기 프라이머 세트를 포함하는 플라비바이러스 진단용 키트 및 플라비바이러스 진단 방법에 관한 것으로, 한 쌍의 플라비바이러스 검출용 범용 프라이머 세트를 이용하여 시료로부터 뎅기 바이러스 1형, 뎅기바이러스 2형, 뎅기바이러스 3형, 뎅기바이러스 4형, 일본뇌염바이러스, 웨스트나일바이러스, 황열바이러스 및 지카바이러스를 높은 민감도로 모두 검출할 수 있다. 또한, 기존 플라비바이러스 검출용 범용 프라이머 세트의 고질적인 문제인 위양성(false positive) 반응 문제가 개선되어 플라비바이러스의 유입 및 감염을 효과적으로 검출할 수 있다.