본 발명은 단일염기다형성 분석을 이용한 서양종꿀벌 계통 판별용 프라이머 세트 또는 이를 함유하는 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트를 활용함으로써 단일염기다형성 특성을 갖는 서양종꿀벌 계통의 유전자 판별을 용이하게 하여, 농가에서의 질병 저항성이 우수한 꿀벌의 유지 및 관리에 도움을 줄 수 있다.