본 발명은 비브리오균 유래의 플라젤린 단백질 FlaB를 효율적으로 제조하는 방법에 관한 것으로서, 보다 상세하게는 서열번호 1의 아미노산 서열로 표시되는 비브리오균 유래의 플라젤린 단백질 FlaB를 재조합 단백질 형태로 생산할 때 이용될 수 있는 생산 균주 및 이를 이용한 비브리오균 유래의 재조합 플라젤린 단백질 FlaB의 생산 및 정제 공정에 관한 것이다.