본 발명은 인삼 발효용 락토바실러스 플랜타럼 (Lactobacillus plantarum) SI-6 및 락토바실러스 람너서스 (Lactobacillus rhamnosus) SI-15 균주, 이의 배양액, 및 이들을 유효성분으로 함유하는 건강기능식품 조성물, 이들을 인삼 추출액에 가하여 발효시키는 단계를 포함하는 인삼 발효액 제조방법 및 이에 의하여 제조된 인삼 발효액에 관한 것으로, 본 발명의 균주는 적당한 환경에서 산양삼과 홍삼 농축액을 발효시켜 마이너 사포닌인 화합물 K (compound K)를 효과적으로 생성시키는바, 다양한 기능의 생체유효성이 높은 화합물 K의 함량이 강화된 프로바이오틱스 건강기능식품 또는 식품소재로써 활용할 수 있다.