본 발명은 원료유에 락토바실러스 아시도필루스 CH5(Lactobacillus acidophilus CH5), 스트렙토코커스 써모필러스 ST1(Streptococcus thermophilus ST1) 및 비피도박테리움 롱검(Bifidobacterium longum)으로 이루어진 군에서 선택된 1종 이상의 균주와 락토코커스 락티스 JNU534(Lactococcus lactis JNU534) KCCM-10869P를 접종하여 원료유를 발효시키는 단계를 포함함으로써, 유산균이 장내 환경에서 보다 용이하게 생존할 수 있는 요구르트를 제조할 수 있는 요구르트의 제조 방법에 관한 것이다.