본 발명은 락토바실러스 존스니 JNU3402 균주의 사균체 또는 상기 사균체의 배양여액을 포함하는 대사성 질환 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것으로, 보다 상세하게는 락토바실러스 존스니(Lactobacillus johnsonii) JNU3402(수탁번호 KCCM12892P)의 사균체 또는 이의 배양여액을 포함함으로써 체중, 간 조직에서의 중성지방의 함량, 지방조직에서의 중성지방의 함량 및 지방세포의 지질축적을 감소시키며, 고지방식이에 의한 혈액내 포도당 및 인슐린 증가를 억제하고, 지질축적에 관여하는 유전자의 발현을 감소시키고, 지방산 베타 산화에 관여하는 유전자 또는 지방세포 갈색화에 관여하는 유전자의 발현을 증가시키며, 지방세포 내 에너지 대사를 주로 담당하는 미토콘드리아의 활성을 증가시킴으로써 비만, 당뇨, 고지혈증 및 지방간 등 대사성 질환의 예방 또는 치료 효과를 나타낸다.