본 발명은 할미꽃( Pulsatilla Koreana Nakai)의 뿌리인 백두옹으로부터 분리한 신규 항균물질 및 그의 분리방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는 백두옹으로부터 7-6 바이싸이클릭 탄소 골격 구조를 갖는 펄사퀴논(pulsaquinone)으로 명명한 신규의 항균활성물질을 발견하였다. 백두옹의 메탄올 추출물을 농축하여 메탄올을 제거한 다음, 용매분획, 실리카겔 흡착 컬럼크로마토그라피, 세파덱스 LH-20 컬럼크로마토그라피, HPLC등의 단계를 거쳐 최종적으로 펄사퀴논을 단리하였으며 펄사퀴논의 구조는 MS, NMR 분석에 의해 결정되었다. 본 발명의 펄사퀴논은 항균효과가 있는 새로운 천연 항균제로 이용될 수 있을 뿐만 아니라 다양한 항균물질 유도체의 선도물질(lead compound)로써의 이용 등 광범위한 용도를 제공하게 될 것이다.