본 발명은 방사무늬김의 유전적 특성을 이용하여 안정적이고 효과적으로 품종을 판별할 수 있는 SSR 마커 검출용 프라이머 세트와 이를 이용하여 방사무늬김의 품종을 판별하는 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 (서열번호 17 및 서열번호 18) 또는/및 (서열번호 19 및 서열번호 20)인 방사무늬김 품종의 그룹 구별을 위한 SSR(Simple sequence repeat) 마커 검출용 프라이머 세트 및 이를 이용한 방사무늬김 품종의 그룹 구별 방법에 관한 것이다.