중금속 제거용 나노 황화철화합물 제조방법을 제공한다. 나노 황화철화합물 제조방법은 갯벌 퇴적물을 1차 농화배양하여 철환원 미생물을 생성하는 단계, 철환원 미생물을 2차 농화배양하여 황화철 형성 미생물을 생성하는 단계 및 황화철 형성 미생물을 배양액에서 활성화시켜 나노크기의 황화철 화합물을 형성하는 단계를 포함할 수 있다. 따라서, 생물학적 방법을 이용하여 상온, 상압 조건에서도 빠른 속도로 나노 황화철 화합물을 합성함으로써, 단순하면서도 친환경적인 환경촉매제를 제공할 수 있다. 나아가, 나노 크기의 황화철 화합물을 중금속 오염수 정화에 사용함으로써, 오염원과의 반응시간을 빠르게 하여 경제성 및 효율성이 향상된 중금속 오염수 정화방법을 제공할 수 있다.