생나노자철석을 이용한 간단한 공정으로 질산성질소와 중금속으로 오염된 복합 오염수를 처리하는 방법이 제공된다. 갯벌 퇴적물에서 선택적으로 배양된 금속환원미생물을 아카가네이트와 포도당이 포함된 혐기성 배지에서 생나노자철석을 합성하고 배양액에 복합 오염수를 주입하여 미생물과 나노광물을 동시에 이용한 복합 오염수 처리 방법이다. 질산성질소의 환원 및 제거는 금속환원미생물에 의해 주로 제거되며, 중금속은 미생물과 더불어 생나노자철석에 의한 환원 및 침전으로 높은 정화 효율을 보인다. 따라서, 오염수 내 질산성질소와 중금속의 환원 및 침전에는 금속환원미생물과 생나노자철석을 동시에 이용하였을 때 복합적 및 촉매적 효과에 의해 빠르고 높은 정화 효율을 기대할 수 있다. 또한, 지하수나 토양 내 오염수 처리시 저독성의 생물학적 정화에 반응시간을 줄이고 효과를 극대화하는데 이용될 수 있을 것이다.