본 발명은 (a) 배를 분쇄 및 건조하여 배분말을 포함하는 재료를 제조하는 단계; (b) 재료를 시스테인 함유 용액과 혼합하여 단백질 분해효소를 용출하여, 조추출물을 포함하는 용액을 수득하는 단계; 및 (c) 조추출물을 포함하는 용액에 폴리에틸렌글리콜과 염을 첨가하여 정치시켜 층분리하고 상등액을 수득하는 단계; 및 (d) 상등액에서 염을 제거하여 단백질 분해효소 추출물을 수득하여 천연 소화제 조성물을 제조하는 단계;를 포함하는 천연 소화제 조성물의 제조방법에 관한 것이다. 이에 의하여, 본 발명의 배 유래 천연 소화제 조성물의 제조방법은 추출의 조건을 조절하여 배에 포함된 식이섬유와 당의 함량을 최소화하고 단백질 분해효소의 함량을 최대화하여 순도를 80 내지 90%까지 향상시킬 수 있는 선택적 분리의 효과가 있다.