본 발명은 올리고당의 제조방법 및 이를 포함하는 장건강 개선용 조성물의 제조방법에 관한 것으로서, 상기 수탁번호 KCTC 13680BP로 기탁된 락토바실러스 사케이(Lactobacillus sakei) NY518 균주의 배양액; 또는 아스퍼질러스 자포니커스(Aspergillus Japonicus; A. Japonicus) 균주의 배양액에서 유래한 효소를 이용하여 제조된 올리고당은 장건강 개선 효과 및 항산화 효과를 나타내므로, 이를 효과적으로 건강기능식품의 제조에 이용할 수 있다.