본 발명은 석류로부터 푸니칼린 또는 엘라그산을 효율적으로 추출하는 방법에 관한 것이다. 본 발명은 푸니칼린 및 엘라그산의 함량이 우수한 품종을 선별하고, 버려지는 과피를 이용하여 고체 상태에서 고온가압처리한 후 초음파 처리하고, 추가로 효소를 처리함으로써, 물 추출, 고온가압 단독 처리에 비해 고함량의 푸니칼린 또는 엘라그산을 획득하였다. 또한, 본 발명의 방법으로 추출된 엘라그산 함량이 증진된 석류 추출액은 항스트레스 또는 퇴행성 뇌질환의 개선효과가 있으므로, 스트레스성 질환 및 퇴행성 뇌질환의 예방 또는 개선용 건강기능식품 조성물로 사용할 수 있다.