본 발명은 가용성이 개선된 살모넬라균 편모 유래 플라젤린 단백질 발현 형질전환체, 그 제조방법 및 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는 아미노산 말단 코돈을 동의 코돈으로 무작위 치환함으로써, 형질전환 후 가용성이 개선된 살모넬라 유래 편모 단백질의 일부인 플라젤린 단백질 변이체를 선별하는 방법, 선별된 플라젤린 단백질을 코딩하는 유전자의 염기서열 및 면역 치료 보조제로서의 용도에 관한 것으로, 본 발명을 통해 가용성이 개선된 살모넬라 편모 유래 플라젤린 단백질의 선별 및 정제가 동시에 가능하도록 함으로써 종래의 방법에 비해 간단하고 경제적일 뿐만 아니라, 아미노산의 변형 또는 부가가 없어 의료용 단백질 생산을 위한 방법으로 유용하게 활용될 수 있을 것으로 기대된다.