본 발명은 하이드로포빈의 가용성 발현 방법 및 정제 방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는 하이드로포빈을 포함하는 재조합 융합 단백질을 숙주 세포에서 가용성으로 발현시킨 후, 정제하는 방법에 관한 것으로, 본 발명의 하이드로포빈 가용성 발현 및 정제 방법에 의해, 종래 봉입체의 형태로 발현되었던 하이드로포빈을 가용성 발현을 통해 수득, 정제함으로써, 종래의 단백질 재접힘(refolding) 단계가 필요 없어짐에 따라, 가용성 발현된 하이드로포빈을 용이하고 높은 효율로 정제 수득할 수 있다.