본 발명은 단량체 이소시트레이트 디하이드로게나아제(isocitrate dehydrogenase; IDH)에 기반한 NADPH 재생 시스템 및 이의 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는 NADPH 의존적 효소의 효소 반응에 사용되는 조효소인 NADPH의 재생을 위해, 단량체 형태의 이소시트레이트 디하이드로게나아제에 기반한 NADPH 재생 시스템 및 이의 응용 방법에 관한 것이다. 구체적으로, 본 발명은 코리네박테리움 글루타미쿰 유래의 이소시트레이트 디하이드로게나아제 재조합 단백질(CgIDH) 및 아조토박터 비네란디 유래의 이소시트레이트 디하이드로게나아제 재조합 단백질(AvIDH)을 코딩하는 폴리뉴클레오티드를 포함하는 재조합 벡터, 상기 재조합 단백질의 제조방법, 이를 통해 제조된 재조합 단백질을 이용한 NADPH 재생 시스템에 관한 것으로, 상기 재조합 벡터가 도입된 형질전환체에서 NADPH 재생 시스템에서 효율적으로 사용될 수 있는 단량체 형태의 효소를 발굴하였고, 이를 이용한 NADPH 재생 시스템은 NADPH 의존적 효소에 NADPH를 제공하는 생물학적 부품과 생촉매 소재로서 활용가치가 매우 높다.