본 발명은 기능성 사료 첨가제와 이의 제조방법 및 기능성 양어용 사료에 관한 것으로서, 더욱 상세하게는 어류의 부산물인 어피를 단백질원으로 대체할 수 있는 기능성 사료 첨가제와 이의 제조방법 및 기능성 양어용 사료에 관한 것이다. 본 발명의 기능성 사료 첨가제의 제조방법은 어류에서 분리된 껍질을 준비하는 준비단계와, 껍질을 건조하는 건조단계와, 건조단계에서 건조된 껍질을 분쇄하는 분쇄단계를 포함한다.