본 발명은 뇌종양 약물반응성 기능 정보를 포함하는 하플로타입(haplotype) 바이오마커를 예측하여, 뇌종양 약물 반응성을 신뢰성 있게 예측 및 약 레이블링을 할 수 있게 하는 새로운 학습 모델인 GBLscan (Cancer Biomarker Labeling Scan)을 이용한 뇌종양 약물 반응성 판단을 위한 바이오 마커 조성물에 관한 것으로, 본 발명은 뇌종양 약물에 대한 반응성 판단을 위하여, 유전자 발현을 조절하는 변이가 포함된 마커들의 조합으로 구성되는 바이오 마커 조성물에 있어서, 상기 바이오 마커 조성물은, 11_12162199_T_G(마커1), 13_113159942_A_G(마커2), 5_181155466_T_G(마커3), 11_65547388_T_G(마커4), 10_11921140_T_G(마커5), 17_55774876_T_G(마커6), 12_40313960_G_T(마커7), 16_1817242_T_C(마커8) 및 2_113934259_C_T(마커9)를 포함하여 구성된다. 이와 같은 본 발명에 의하면, 본 발명에서는 뇌종양 관련 약물들에 대한 바이오 마커들을 통해, 뇌종양 약물에 대하여, 대상자 유전형질별 민감성을 예측할 수 있으므로, 개인별 맞춤의학 분야뿐만 아니라 신약 후보군 발굴에 효과적인 예비검증이 이루어지도록 하는 효과가 있다.