본 발명은 유해 곤충에 대한 살충 활성을 가지는 바실러스 메틸로트로피쿠스(Bacillus methylotrophicus) EML-CAP7(KCTC 12116BP) 균주, 이를 포함하는 유해 곤충 방제용 조성물 및 상기 균주를 이용하여 생물학적으로 유해 곤충을 방제하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 바실러스 메틸로트로피쿠스의 신규 균종인 EML-CAP7은 해로운 곤충 방제에 매우 탁월한 효능을 갖고 있어, 작물에 이용할 경우 상품성 및 생산성을 크게 증대시킬 수 있다. 또한, 본 발명의 조성물은 미생물 균주를 이용한 생물학적 방제제로서, 동물 및 식물에 매우 안전하여 해충의 친환경적 제어가 가능하다.