본 발명은 고추에서 내생세균으로 분리된 신규한 바실러스 아밀로리쿼페이션스 EML-CAP3, 이를 함유하는 식물병 방제용 조성물 및 식물병 방제방법에 관한 것으로, 상기 본 발명에 따른 신규한 바실러스 아밀로리쿼페이션스 EML-CAP3 균주, 이의 배양액 또는 배양액 추출물을 식물체에 살포하거나 관주처리함으로써 다양한 식물병을 생물학적으로 방제할 수 있으며, 여러 작물에 동시에 적용가능 할 뿐 아니라 한 작물에서도 여러 병해에 대하여 효과를 동시에 발휘할 수 있어, 작물의 상품성 및 생산성을 증대시킬 수 있는 효과가 있다.