본 발명은 플라젤린 융합 단백질을 포함하는 비알코올성 지방간질환 또는 대사증후군 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것으로, 보다 상세하게는 플라젤린(Flagellin), 이의 단편 또는 이의 변이체; 및 면역글로불린 Fc 영역을 포함하는 융합 단백질을 포함하는 비알코올성 지방간질환 또는 대사증후군 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것이다. 본 발명의 조성물은 비만, 인슐린 저항성, 당뇨, 지방간을 포함하는 대사증후군 및 비알코올성 지방간질환을 치료하는 효과가 매우 뛰어나, 비알코올성 지방간질환 또는 대사증후군 예방 또는 치료제 개발에 매우 유용하게 활용될 수 있다.