본 발명은 플라젤린 융합 단백질 및 이의 용도에 관한 것으로, 보다 상세하게는 플라젤린(Flagellin), 이의 단편 또는 이의 변이체; 및 면역글로불린 Fc 영역을 포함하는 융합 단백질 및 이의 톨-유사 수용체 5(TLR5) 자극 활성을 이용한 용도에 관한 것이다. 본 발명이 제공하는 융합 단백질은 야생형 플라젤린, 이의 단편 또는 이의 변이체와 비교하여 톨-유사 수용체 5(TLR5) 경로 활성화능이 현저히 우수하여, TLR5 경로 활성화를 통해 예방, 개선 또는 치료할 수 있는 질환의 치료제 개발 및/또는 백신 보조제 개발에 매우 유용하게 활용이 될 수 있다.