본 발명은 핑거프린트 기반의 빔 간섭 제거 시스템 및 방법에 관한 것으로, 통신부가 적어도 하나의 사용자 단말로 전송한 기준신호에 대한 응답으로 각각의 사용자 단말로부터 제공된 수신신호의 세기인 기준신호수신전력 및 위치 정보를 수신하고, 핑거프린트 DB 구축부가 상기 기준신호수신전력 및 위치 정보를 전달받아 각각의 사용자 단말의 위치 별 수신신호의 세기가 가장 큰 빔을 선택하고 선택된 빔과 나머지 빔으로 핑거프린트 데이터를 생성하여 핑거프린트 데이터베이스를 구축하며, 그룹 기반 핑거프린트 DB 구축부가 상기 선택된 빔과 동일한 수신신호의 세기를 갖는 사용자 단말을 그룹화하되, 각각의 사용자 단말에 대해 선택된 빔을 제외한 나머지 빔을 수신신호의 세기에 따라 정렬하여 정렬된 빔으로 그룹 핑거프린트 데이터를 생성하고 생성된 그룹 핑거프린트 데이터로 그룹 기반 핑거프린트 데이터베이스를 구축하여 제1 빔 간섭 제거부가 상기 그룹 핑거프린트 데이터에서 수신신호의 세기가 가장 큰 빔인덱스로 그룹 별 빔세트를 구성하여 그룹 내의 빔 간섭이 제거된 그룹 별 빔세트를 생성하고, 제2 빔 간섭 제거부가 그룹 간의 중복된 빔을 제거하여 밀리미터파 통신에 있어서 그룹 내 및 그룹 간 빔 간섭을 제거함으로써 신뢰도 및 데이터 전송률 향상시킬 수 있다.