개시된 본 발명에 따른 X선 현미경 구조는 외부로부터 전력을 공급받아 X선을 발생시키는 소오스, 상기 소오스에 인접하여 구비되고 상기 소오스로부터 발생되는 X선을 집광하여 고강도 평행 X선으로 유도하는 소형 X선 거울, 상기 소형 X선 거울과 이격 배치되고 고강도 평행 X선을 고강도 단일파장 평행 X선으로 추출하는 분광기, 상기 분광기와 이격 배치되고 상기 분광기와의 사이에 구비된 측정대상물을 투과한 고강도 단일파장 평행 X선을 필터링하여 탄성산란을 제거하는 필터부, 상기 필터부에 의하여 필터링된 고강도 단일파장 평행 X선을 검출하는 X선 검출부를 포함하고, 상기 소형 X선 거울 및 분광기는 상기 소오스를 수용하는 하우징의 일측에 연결되며, 상기 하우징과 소형 X선 거울의 사이 및 상기 소형 X선 거울과 분광기의 사이에 위치 컨트롤러가 구비되어 상기 소형 X선 거울 및 분광기의 설치각도를 제어하는 것을 특징으로 한다.