본 발명은 양파의 웅성불임 또는 가임을 판정할 수 있는 새로운 서열의 핵산분자 마커 및 그 용도에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 양파의 웅성가임 또는 불임과 관련된 다형성을 짧은 시간내에 판별할 수 있어 양파의 F 1 잡종품종개발을 위한 웅성불임 양파의 대량생산이 가능하다. 또한, 양파의 웅성가임 또는 불임에 특이적인 본 발명의 유전자 마커를 통하여 정확한 유전형질의 분석이 가능하다.