본 발명은 양파 웅성-가임(Male fertility) 또는 웅성-불임(Male sterility) 선별용 핵산분자 및 이를 이용한 양파의 웅성-가임 또는 웅성-불임 판별방법에 관한 것이다. 본 발명자들은 양파에서 웅성불임의 임성 회복을 결정하는 후보 유전자로 5종을 선별하였다. 본 발명자들이 규명한 후보 유전자는 아가로오스 겔 상에서 용이하게 유전자형의 분석이 가능하고, 보편적으로 사용될 수 있다. 본 발명의 판별방법을 이용하는 경우 양파의 F 1 잡종 교배의 효율을 향상시킬 수 있으며, 특히 후대검정(progeny test)시 4년 이상 소요되는 작업을 단 하루 만에 끝낼 수 있어 양파 품종 육종 효율을 획기적으로 개선할 수 있는 효과가 있다.