본 발명은 무(Raphanus sativus L.)의 자가불화합성(self-incompatibility) 결정 유전자형 선별용 프라이머 세트, 이를 이용한 무의 자가불화합성 결정 유전자형 선별 방법 및 키트를 제공한다. 본 발명에 따르면, 본 발명은 SLL2 유전자의 다형성 서열을 기반으로 간단하고 정확한 검정 결과 및 종래의 육종 계통 분석의 노동력 및 시간이 많이 소비되는 단점을 개선한다.