본 발명은 무 자가불화합성(self-incompatibility) 결정 유전자형 판별용 프라이머 세트 및 이를 이용한 무 자가불화합성 결정 유전자형의 판별방법에 관한 것이다. 본 발명의 프라이머 세트를 이용하는 경우, 무의 육종 계통에서 SLL2, SRK 및 SP6 대립 유전자의 반수체형(haplotypes)를 동정할 수 있으며, 이로써 무의 유전자형을 조기에 식별할 수 있는 경제적이고 효율적인 선별 시스템을 제공할 수 있다. 무에서 자가불화합에 관여하는 유전자 특이적 분자표지 개발은 향후 무 육종에 있어 다양한 고품질의 일대잡종품종 무를 생산하는데 중요한 선발도구로 쓰일 수 있다.