본 발명은 연녹색 구피색 양파 판별용 조성물, 키트, 조성물 또는 키트를 활용한 연녹색 구피색 양파의 판별 방법 및 연녹색 구피색 양파의 제조방법에 관한 것이다. 보다 상세하게는, 연녹색 구피색 양파의 원인 유전자(AcLAC12)의 (i)exon5 영역의 특정부분 결실 또는 (ii)exon5 영역의 삽입인자를 검출할 수 있는 연녹색 구피색 양파 판별용 조성물, 키트, 조성물 또는 키트를 활용한 연녹색 구피색 양파의 판별 방법 및 연녹색 구피색 양파의 제조방법에 관한 것이다.