본 발명은 탄소나노튜브 분산 용액, 팔라듐 형성용액 및 니켈 형성용액을 준비하는 단계; 및 상기 탄소나노튜브 분산용액, 팔라듐 형성용액 및 니켈 형성용액을 혼합하여 상기 탄소나노튜브의 표면에 무전해 도금방법에 의해 미세 분말형태의 니켈-팔라듐 합금을 형성하는 단계; 를 포함하는 니켈-팔라듐 탄소나노튜브 미세복합체의 제조방법을 제공 한다. 상기 제조 방법에 의하여 제조된 니켈-팔라듐 탄소나노튜브 미세복합체는 제조 공정이 매우 간단하여 우수한 생산성을 확보할 수 있고, 상기 니켈-팔라듐 탄소나노튜브 미세복합체가 포함된 전자파 차폐제는 전자파 차폐용액의 형태로 기재에 분사되어 전자파 차폐 필름을 제조할 수 있어, 대면적화 구현에 유리한 장점이 있다.