본 발명의 인돌아세트산의 분리 방법은 미생물을 배지에서 배양하는 단계; 상기 배지에서 미생물을 제거하여 제1 상등액을 수득하는 단계; 상기 제1 상등액에 아세토니트릴, 염화나트륨 및 황산마그네슘을 첨가하여 제1 혼합용액을 수득하는 단계; 상기 제1 혼합용액에서 제2 상등액을 수득하는 단계; 상기 제2 상등액에 C 18 화합물 및 황산마그네슘을 첨가하여 제2 혼합용액을 수득하는 단계; 및 상기 제2 혼합용액으로부터 최종분리액을 수득하는 단계를 포함한다.