본 발명은 항암활성, 항HIV 및 항혈액응고작용을 가진 것으로 밝혀진 기능성성 생물소재로 관심을 받고 있는 후코이단(fucoidan)을 분말상태에서 저분자화하는 방법에 관한 것이다. 저분자 후코이단의 세포 흡수 용이성으로, 최근 다양한 분해 방법에 의한 고분자 후코이단의 저분자화가 시도되었다. 기존 방법은 용해 후 건조 과정을 거치기 때문에 고비용, 저생산성의 문제가 있었으나, 본 발명을 통해 높은 항암활성 등 기존보다 높은 기능성을 갖는 저분자 후코이단의 수득이 가능하다.