본 발명은 플라노코쿠스 유래 신규한 스쿠알렌 합성효소, 상기 스쿠알렌 합성효소를 코딩하는 핵산 분자, 상기 핵산 분자를 포함하는 재조합 벡터, 상기 재조합 벡터에 의해 형질전환된 세포, 스쿠알렌 제조방법 및 스쿠알렌 합성효소 유전자 증폭용 프라이머 세트를 제공한다. 스쿠알렌을 생산할 수 있는 재조합 미생물은 천연 물질의 채집이나 수확 없이 이용될 수 있고, 유전공학이나 대사공학을 이용한 생산성 증가에 대장균과 같은 숙주 세포는 다양한 장점은 지닌다. 따라서 본 발명에서 얻어진 스쿠알렌 합성 효소 및 스쿠알렌 생산 재조합 대장균은 스쿠알렌의 산업적 생산에 큰 도움이 될 것으로 기대된다.