본 발명은 잔티노박테리움 sp.(Janthinobacterium sp.) 유래 저온 활성 펩티다아제 및 그 제조방법에 관한 것이다. 본 발명을 통해 얻은 잔티노박테리움 sp. PAMC 25641 유래 펩티다아제는 고온 전처리 과정과 고온에서의 반응으로 인해 야기되는 부반응 문제를 해결함으로써, 식품, 약품 및 생물 산업 등에 널리 활용될 수 있을 것으로 기대된다.