본 발명은 과일 유래 단백질 분해효소의 제조방법에 관한 것으로, 보다 상세하게는, 배, 키위 및 무화과와 같은 과일로부터 단백질 분해효소를 추출할 수 있으며, 추출된 단백질 분해효소는 단백질 분해효과와 콜라겐 제거효과를 나타내어, 연육제, 소화제 및 화장품과 같은 다양한 분야에 적용될 수 있다.