본 발명은 내열성 사이클로덱스트란 생성 효소를 이용하여 사이클로덱스트란을 제조하는 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 내열성 사이클로덱스트란 생성 효소를 이용하므로 고온에서도 안정적으로 대량 생산공정을 운용할 수 있게 되며, CI-15 내지 CI-20 사이클로덱스트란을 0.1 내지 4 중량% 포함하는, 거대분자의 가용화에 용이한 사이클로덱스트란을 제공할 수 있게 된다.