본 발명의 일 실시예에 따른 수면 방해요인 탐지 시스템은 설정된 주기마다, 사용자의 심박변이도(Heart Rate Variability, HRV)을 측정하고, 상기 측정된 심박변이도를 상기 제어장치로 전송하는 측정장치; 및 상기 측정된 심박변이도를 수신하고, 상기 수신한 심박변이도로부터 기설정된 지표들에 대응되는 지표값들을 산출하고, 상기 산출된 지표값들이 특정 패턴들을 나타내는 경우에 수면 방해요인 발생을 알리는 경보를 출력하는 제어장치를 포함한다.