본 발명은 락토바실러스 사케이(Lactobacillus sakei) 배양액 유래 사이클로디펩티드(cyclodipeptide)계 화합물의 분리방법 및 이를 포함하는 골 질환 예방 또는 치료용 조성물에 관한 것으로서, 상기 화합물이 파골세포로의 분화 억제 효과를 나타내므로, 이를 효과적으로 골 질환의 예방, 치료 또는 개선에 이용할 수 있다.