본 발명은, 데이터 가중치 기반 GC-균형 DNA 코드 구축 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따르면, 데이터 가중치 기반 GC-균형 DNA 코드 구축 방법은 인코딩을 수행할 이진 시퀀스를 입력받는 단계; 상기 이진 시퀀스가 ε-균형 상태인 경우, 플리핑 레벨 0의 인코딩을 수행하는 단계; 상기 이진 시퀀스가 ε-균형 상태가 아닌 경우, 플리핑 레벨을 순차적으로 1씩 증가시키면서 해당 플리핑 레벨에 따른 플리핑 함수를 사용한 플리핑 수행 결과가 ε-균형 상태이면 해당 플리핑 레벨의 플리핑을 수행한 후 해당 레벨의 인코딩을 수행하는 단계; 및 상기 플리핑 레벨이 최대값에 도달한 상태인데 상기 이진 시퀀스가 ε-균형 상태가 아닌 경우, 기 정의된 이진 ε-균형 인코딩 함수를 사용하여 인코딩을 수행하는 단계를 포함한다. 이와 같이 본 발명에 따르면, DNA 코드의 평균 패리티 길이를 줄일 수 있어 DNA 스토리지의 데이터 밀도를 높일 수 있고, DNA 스토리지에서 발생하는 시퀀싱 오류를 줄일 수 있다.