본 발명은 마이크로 로봇의 구동 자기장을 향상시키고 전자석 전류의 크기를 감소시킬 수 있는 전자석 배열의 자기장 여유도를 활용한 마이크로 로봇의 제어시스템에 관한 것으로, 다수의 코일로 구성되는 전자석 코일을 통해 마이크로 로봇을 구동하도록, 자속밀도(B d ) 및자기력(F d )을 포함하는 요구자장을 입력하는 요구 모션 입력부와, 상기 요구자장이 입력되면, 상기 전자석 코일을 이루는 각각의 상기 코일의 자기장 여유도를 확인하여 전자석 인가전류를 산출하는 여유도 제어부와, 산출한 상기 전자석 인가전류에 근거하여 상기 전자석 코일에 대해 전자석 전류를 유도하는 전자석 전류인가부 및 상기 마이크로 로봇 구동을 위해 상기 전자석 전류인가부로부터 유도되는 전자석 전류에 의해 자기장을 발생시키는 상기 전자석 코일을 포함하는 마이크로 로봇 구동부를 포함하여 구성되고, 상기 전자석 코일은 관심영역(Region Of Interest, ROI) 내에 자기장을 발생시키는 것을 특징으로 한다.