본 발명은 전자기 신호와 RF신호의 주파수 시퀀스 설계를 통한 상자성 캡슐내시경의 동시적 이동 및 위치인식을 제어하는 상자성 캡슐 내시경의 동작제어 방법에 관한 것으로, 본 발명에 따른 캡슐 내시경의 동작제어 방법은, 외부의 RF(Radio Frequency) 송수신 코일을 통해, 인체 내에 삽입되는 상기 캡슐 내시경의 초기 위치를 확인하는 단계와, 외부 전자기장 장치가 상기 캡슐 내시경의 방향을 제어하는 단계와, 상기 외부 전자기장 장치가 외부자기장을 인가시켜 상기 캡슐 내시경의 위치를 이동시키는 단계 및 상기 RF 송수신 코일이 상기 캡슐 내시경의 이동 위치를 확인하는 단계를 포함하여 구성하고, 상기 RF 송수신 코일은 FFP(Field Free Point)를 제어하여 상기 캡슐 내시경의 위치를 확인하는 것을 특징으로 한다.