본 발명은 암줄기세포 검출을 위한 CD133 넉인 형광 리포터 벡터 시스템, 이것으로 세포를 형질전환하는 방법, 상기 형질전환된 세포 및 이를 이용한 암줄기세포 확인 방법에 관한 것이다. 본 발명에 따른 형질전환된 세포는 CD133 내생 유전자의 종결 코돈을 결여시키고, 절단성 펩타이드 뒤에 형광단백질인 RFP(Red fluorescence protein)를 삽입하여 CD133이 존재하면 RFP를 발현하므로, 이를 통해 암줄기세포의 존재 유무를 실시간으로 모니터링할 수 있다. 나아가, 본 발명에 따른 형질전환된 세포는 다양한 항암 치료 약물의 스크리닝 및 약물의 내성을 확인하는데 이용될 수 있다. 따라서, 본 발명은 암 질환의 예방 또는 치료 개발에 유용하게 사용될 수 있다.