본 발명은 식품 내 아몬드 알레르겐 검출용 마커 펩타이드 및 이를 이용하여 식품 내 아몬드 알레르겐을 검출하는 방법으로서, 종래 검출법 대비 검출 민감도가 높을 뿐 아니라, 식품 내 아몬드 알레르겐을 직접 검출할 수 있으며, 가공된 식품 내에서도 안정적으로 아몬드 알레르겐을 검출할 수 있어 활용도가 높다.